Auch wenn die Rhön über keine großen Seen verfügt, handelt es sich um ein wasserreiches Gebiet. Unzählige Bäche und Flüsse gliedern die Landschaft, Auelandschaften durchziehen die Täler. Vor allem die Quellgebiete und Oberläufe der Bäche bieten seltenen Kleinlebewesen einen intakten Lebensraum. Auch der Deutsche Edelkrebs beginnt in den Gewässern der Rhön wieder heimisch zu werden.